Впервые идея строительства научного центра прозвучала в президентском послании Федеральному собранию 12 ноября 2009-го года. 25 ноября, Дмитрий Медведев посетил МГУ, где увидел новый суперкомпьютер мощностью 414 Tflops, занявший 12 место в World Top-500. Компьютер вдохновил Дмитрия Анатольевича на создание научного центра в России, из которого такие разработки выходили бы не штучно, а потоком.
31 декабря 2009 года вышло распоряжение президента РФ о «создании рабочей группы во главе с Владиславом Сурковым по созданию обособленного комплекса для развития исследований».
В январе 2010 года Владислав Сурков приехал в Массачусетский институт технологий (MIT) для участия в двухдневном семинаре по инновациям, посетил лаборатории, инкубаторы и конструкторские бюро
В феврале Дмитирй Анатольевич объявил о месте, где будет построен «Ультрасовременный научно-технологический комплекс по разработке и коммерциализации новых технологий». Им станет Сколково Одинцовского района Московской области. Предполагается, что там будут собраны российские, бывшие российские и иностранные ученые, которые займутся научными исследованиями в области компьютерных, биологических, медицинских технологий. Предполагается, что новый инновационный центр станет российском аналогом американской «Силиконовой долины», а также «городом Солнца».
В марте 2010-го года, Президент подписал указ о создании инновационного центра в Сколково. Дмитрий Анатольевич так же назначил главу российской части координационной структуры по созданию российской Кремниевой/Силиконовой долины. Им стал Виктор Вексельберг.
Нобелевский лауреат, депутат Госдумы от фракции КПРФ Жорес Алферов стал научным руководителем инновационного центра.
Куратором проекта «Сколково» является первый заместитель руководителя администрации главы государства Владислав Сурков.
В июне 2010-го года, на международном экономическом форуме в Санкт-Петербурге, сформировался попечительский совет Фонда Сколково. 24 августа, был утвержден состав научного совета Сколково